Na wyspie Kiusiu w prefekturze Fukuoka funkcjonuje jeden z najważniejszych ośrodków produkcyjnych Lexusa. Zakład Kokura odpowiada za przekładnie, Kanda wytwarza silniki, a Miyata zajmuje się produkcją samochodów. Fabryka w mieście Miyawaka została założona w 1991 roku, a od 2005 roku zajmuje się wyłącznie produkcją aut marki Lexus przeznaczonych na rynki zewnętrzne. Funkcjonują tam dwie linie montażowe. Na pierwszej, która ma zdolność produkcyjną 1000 aut dziennie, powstają modele NX i UX. Na drugiej linii montowane są limuzyny ES oraz SUV-y RX. Powstaje ich nawet 850 każdego dnia.
Produkcja modelu LBX odbywa się w fabryce Iwate we wschodniej Japonii. Przełomowy miejski crossover powstaje w zakładach w regionie, który doświadczył zniszczenia w wyniku erupcji wulkanu i trzęsienia ziemi w Tohoku w 2011 roku. Toyota Motor Corporation zobowiązała się do inwestycji w tym regionie i wsparcia lokalnej społeczności, a produkcja LBX-a jest tego najlepszym potwierdzeniem. Fabryka ma 30-letnią historię, przed laty z jej taśm montażowych zjeżdżały cenione na całym świecie sedany IS oraz ES, a teraz specjalizuje się w samochodach miejskich i kompaktowych, które powstają na dwóch liniach produkcyjnych.
Elektryczne Lexusy RZ produkowane są w słynącej z najbardziej innowacyjnych rozwiązań fabryce Motomachi. Koncern montuje tutaj swoje najbardziej zaawansowane modele, a miejsce słynie z detalicznego podejścia do jakości oraz wykrywania potencjalnych uchybień w procesie produkcyjnym – do kontroli lakieru stworzono specjalny tunel z diodami LED rozmieszonymi co 30 cm. W latach 2010-2012 ten zakład odpowiadał za montowanie supersamochodu LFA – przez ten czas powstało 500 egzemplarzy legendarnego już auta. To także fabryka odpowiedzialna za produkcję modelu LC w wersjach Coupe oraz Convertible.